接続を作成する際に、接続参照を別テナントに対して作成しようとするとブロックすることができます。
テナント分離が有効になっている環境で試します。

Power Platform 管理センター(aka.ms/PPAC)より有効化することができます。
別テナントに接続参照を切り替えてみようとします。


このようにエラーメッセージが表示されました。

関連付け ID: xxxxxxx-4d9f-4526-bcc1-4a8f992cf60e
The request failed with client error: 'Input parameters are invalid. See details for more information. Details:OAuth2CertificateSharePointOnlineV2 Authorization Flow failed for service SharePoint Online Certificate V2. Sign-in with Azure Active Directory account hfujiwara@xxxxxxx.onmicrosoft.com failed, due to a tenant isolation policy for tenant xxxxxxxx-86f1-41af-91ab-xxxxxxxx.
If your use case requires a cross-tenant connection, contact your tenant administrator.
Details:
Connection owner tenant: xxxxxx-825b-40cb-bf23-xxxxxxx,
Connection sign-in tenant: xxxxxx-86f1-41af-91ab-xxxxxxxx,
Connector: SharePoint.'. The correlation Id is 'xxxxxxxx-dc07-4254-954c-9239028ee61b'.
このようにデスクトップフローにもテナント分離は有効です。
以上、ご参考になれば幸いです。